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院长：王英俭 全面负责研究院工作。 分管财务资产、研究生教育、保密、军工科研生产、信息化建设、后勤管理工作。
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党委书记兼副院长：匡光力 主持研究院党委工作。 分管组织和人事教育、党风廉政建设、创新文化建设、对外宣传、国家安全、工会、共青团、计划生育工作；兼任强磁场研究中心主任，全面领导该中心工作。 |
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副院长：李建刚 分管研究院基础研究、科技战略发展规划、实验室与科研平台建设、国际合作与学术交流工作；兼任等离子体物理研究所所长，全面领导该所工作。 |
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副院长：张毅 分管园区基础设施建设、科学岛园区环境建设与保护工作；分管职业技术学院和附属学校。
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副院长：梅涛 分管高技术研究与发展、成果转化与产业化、院地合作、质量体系建设、科普工作；协助分管保密和军工科研生产工作；兼任合肥智能机械研究所所长，全面领导该所工作。 |
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纪委书记：单文钧 分管纪检、检察审计、安全保卫、老干部和离退休职工、医疗统筹工作；分管职工医院；协助分管党风廉政建设工作；兼任固体物理研究所党委书记、副所长，主持该所党委工作。
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